Zwei Jahre nach "Star Trek: The Motion Picture": Dr. McCoy ist seit Tagen schlecht gelaunt und verkriecht sich entweder im Labor oder in seinem Quartier. Captain Kirk sucht ihn schließlich in seinem Quartier auf und versucht, seinem Freund eine Erklärung für dieses ungewöhnliche Verhalten zu entlocken. Doch McCoy scheint keine Lust dazu zu haben, mit Kirk darüber zu reden. Er weicht aus und läßt ihn spüren, daß seine Anwesenheit unerwünscht ist.

Die Enterprise ist auf dem Weg zu Starbase 86, um dort Botschafter Mark Rousseau an Bord zu nehmen. Kirk fragt McCoy, ob ihn irgendetwas an Starbase 86 stört. Der Captain hat nämlich das Gefühl, daß sich das Verhalten des Doktors in dem Moment verändert hat, in dem er davon erfahren hat, daß das Schiff diese Starbase anfliegen soll. McCoy winkt aber sofort ab. Mit Starbase 86 hat die ganze Sache nichts zu tun. Ohne wirklich zu wissen, was er noch sagen soll, fragt Kirk schließlich noch, ob es an Mark Rousseau liegen könnte. Obwohl der Captain schon gar nicht mehr damit gerechnet hat, scheint er damit das Problem entdeckt zu haben. McCoys Reaktion deutet jedenfalls eindeutig darauf hin.

Wenige Augenblicke später gibt der Doktor auch mehr oder weniger ausdrücklich zu, daß sein Unbehagen von der Aussicht auf ein Wiedersehen mit Mark Rousseau verursacht wird. McCoy kennt den Mann, der mittlerweile Botschafter geworden ist, schon seit seiner Kindheit. Der kleine Leonard ist damals mit seiner Familie in eine Kleinstadt umgezogen. Dort wurde er sofort zum neuen Lieblingsopfer seiner neuen Schulkollegen. Ihre teils sehr grausamen Scherze und abfälligen Bemerkungen richteten sich oft gegen ihn. Doch gerade als Leonard mal wieder in einer derart unangenehmen Situation steckte, kam ein größerer und offensichtlich stärkerer Junge vorbei und forderte seine Peiniger auf, Leonard in Ruhe zu lassen. Diese kamen dieser Aufforderung auch nach. McCoy lernte daraufhin seinen Retter in der Not näher kennen. Es stellte sich heraus, daß der Name des Jungen Mark Rousseau war.

Nachdem McCoy seinem Captain diese Geschichte erzählt hat, ist Kirk auch nicht viel schlauer als vorher. Ihm ist unklar, warum McCoy Probleme damit hat, wenn jemand auf das Schiff kommt, der ihm offenbar in seiner Kindheit geholfen hat und dann sogar zu einem seiner besten Freunde wurde. Nachdem Kirk diese Überlegung laut geäußert hat, erzählt McCoy weiter. Das Problem an Mark war, daß er einfach immer überall besser als alle anderen war. Ganz egal, worum es ging, Mark übertrumpfte ausnahmslos alles und jeden. Und auch wenn es einerseits schön ist, jemand wie Mark zum Freund zu haben, so kann es für das eigene Selbstwertgefühl zu einem Problem werden. Schließlich wußte man immer schon vorher, daß man Mark ohnehin nicht schlagen kann.

Nachdem die Enterprise Starbase 86 erreicht hat, kommt Botschafter Rousseau an Bord. Er ist im Gegensatz zu McCoy gut gelaunt und freut sich auf ein Wiedersehen mit seinem alten Freund, der es vermieden hat, bei Rousseaus Ankunft auf dem Schiff zugegen zu sein. Die beiden treffen aber wenig später in einem Besprechungsraum der Enterprise aufeinander. Doch außer einem recht kurzen Wortwechsel zwischen den beiden, in dem sich der Schiffsarzt eher wortkarg gibt, tut sich nicht viel. Stattdessen wird schnell mit der Besprechung der Mission begonnen. Botschafter Rousseau klärt die Crew darüber auf, daß die Enterprise nach Nova Empyrea fliegen und dort eine Krise entschärfen soll. Dr. McCoy ist der einzige Anwesende (natürlich abgesehen von Rousseau selbst), dessen Reaktion darauf schließen läßt, daß er schon einmal etwas von diesem Planeten gehört hat.

Rousseau erzählt, daß er und Dr. McCoy schon einmal die menschliche Kolonie dort besucht haben. Rousseau war damals Captain der Feynman, McCoy war sein Schiffsarzt. Die Gründer der Kolonie haben die Erde verlassen, kurz nachdem der Warp-Antrieb erfunden wurde. Erst 150 Jahre später, als die Feynman zufällig die Kolonie entdeckt hat, kamen sie wieder in Kontakt mit anderen Menschen. Doch die Kolonisten waren alles andere als glücklich darüber. Sie haben damals ganz bewußt die restliche Menschheit zurückgelassen. Ihr Ziel war es, eine isolierte, von äußeren Einflüssen abgeschirmte Kolonie zu gründen. Mit Hilfe der Gentechnik versuchten sie, perfekte Menschen zu schaffen. Dieses Vorhaben kann aber nur gelingen, wenn genetische Einflüsse von außen (also gemeinsame Kinder eines/einer Kolonisten/Kolonistin und eines/einer Nicht-Kolonisten/-Kolonistin) ausgeschlossen werden können. Deshalb haben sie sich für die vollständige Isolation entschlossen. Und das Vorhaben scheint tatsächlich gelungen zu sein. Die Kolonisten haben es geschafft, auf Nova Empyrea eine friedliche Gesellschaft zu etablieren. Zahlreiche Krankheiten, sämtliche Behinderungen usw. konnten "besiegt" werden.

Dennoch geland es Rousseau damals, mit den Kolonisten einen Vertrag auszuhandeln, der es der Föderation erlaubt hat, auf Nova Empyrea eine Forschungsstation zu errichten, von der aus das sehr ungewöhnlich aufgebaute Sonnensystem beobachtet werden kann. Jetzt ist dieser Vertrag ausgelaufen. Die Enterprise soll Rousseau nun zu der Kolonie bringen, damit dieser dort mit den Kolonisten über eine Verlängerung des Vertrages verhandeln kann. Die Chancen, daß eine solche Verlängerung möglich ist, werden aber als minimalst eingeschätzt. Die Empyreaner scheinen nur auf eine günstige Gelegenheit zu warten, um die "nicht perfekten" Menschen von ihrem Planeten zu werfen. Noch während die offiziellen Verhandlungen laufen, sollen die Techniker von der Enterprise bereits mit dem Abbau der Forschungsstation beginnen. Das ist eine Forderung der Kolonisten und zeigt recht deutlich, für wie wahrscheinlich sie eine Vertragsverlängerung halten.

Nachdem die Enterprise Nova Empyrea erreicht hat, wird die Crew von der Präsidentin des empyreanischen Rates begrüßt. Als Kirk ankündigt, ein Verhandlungsteam hinunterzubeamen, informiert sie ihn darüber, daß dieses Team aus maximal zwei Personen - vorzugsweise Botschafter Rousseau und Dr. McCoy - bestehen darf. Außer diesen beiden dürfen nur zwei weitere Personen hinunterbeamen, die den Abbau der Forschungsstation leiten und überwachen sollen. Jeder unnötige Kontakt zwischen Kolonisten und der Enterprise-Crew soll verhindert werden. Kirk ist über diese Forderungen zwar nicht glücklich, stimmt aber zu.

Wenig später beamen Rousseau und McCoy dann auch wirklich auf den Planeten. Sie materialisieren in einem wunderschönen Garten vor der Unterkunft der Präsidentin. Aus dem Gebäude hören sie wunderschöne und sehr gefühlvolle Musik dringen. Sie entdecken eine junge Frau, die klassische Geige spielt. Neben ihr steht ein Mann, der ihrem Spiel aufmerksam zuhört. Er scheint der Lehrer zu sein. Rousseau und McCoy nähern sich weiter und fallen der Frau und dem Lehrer erst auf, nachdem diese zu spielen aufgehört hat. Noch bevor Worte zwischen ihnen gefallen sind taucht auch Präsidentin Elizabeth March auf. Sie stellt den beiden Besuchern die junge Frau vor. Es ist ihre Tochter Anna. Der Mann neben ihr ist ihr Musiklehrer Clements, der gleichzeitig so eine Art oberster Polizist der Kolonie ist.

Nachdem die Präsidentin und Rousseau eine Weile über den Vertrag gesprochen haben, machen sich der Botschafter und Dr. McCoy bereit, auf die Enterprise zurückzubeamen. March bittet McCoy jedoch, noch kurz zu bleiben. Nachdem Rousseau weggebeamt wurde, wird die Präsidentin deutlich höflich und herzlicher. Sie erzählt dem Doktor, daß sie sich sehr freut, ihn wiederzusehen. Die beiden hatten schon beim Besuch der Feynman auf Nova Empyrea zusammengearbeitet. Elizabeth March war damals eine junge Wissenschaftlerin.

March erzählt McCoy, daß sie dringend seine Hilfe braucht. Sie informiert ihn, daß der Vater ihrer Tochter Anna kein Kolonist ist, sondern von außerhalb der Kolonie stammt. Bisher konnte sie diese Tatsache verschleiern, doch bei einer bald anstehenden Überprüfung wird die Wahrheit mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit herauskommen. Dann drohen Anna und ihr drakonische Strafen. McCoy schlägt vor, daß sie sich doch mit dem Vater von Anna in Verbindung setzen soll. Er wäre sicher bereit, ihr in dieser schwierigen Situation zu helfen. Auf diesen Vorschlag hin, spricht sie endlich Klartext: McCoy ist der Vater.